Omdat Roussa Ekklisia niet wordt genoemd in de Venetiaanse volkstelling van 1583, lijkt het erop dat het dorp op een later tijdstip moet zijn gesticht. De etymologie van de naam is onzeker, hoewel sommigen geloven dat het zeker afkomstig moet zijn van het stromende water dat stroomt van onder de oude dorpskerk van Ayios Nikoaos (reousa: stromend en ekklisia: kerk).
Ik denk dat het waarschijnlijker is dat de roodachtige kleur van de aarde in het gebied (rousso: rood) in combinatie met het bestaan van de kerk van de oorspronkelijke nederzetting de naam heeft doen ontstaan.
Dichtbij de kerk "tou Timiou Stavrou" (van het Ware Kruis), op een locatie die bekend staat als Anixi, werd een heiligdom ontdekt dat veel vondsten uit de archaïsche periode opleverde - zoals kleiplaatjes in laag reliëf, lampen en verschillende andere voorwerpen.
Andere oude vondsten kwamen uit Kato Lagokefalo , de plaats van een nederzetting van de archaïsche periode en uit Kastri waar zich de overblijfselen van een versterkte stad met een toren bevinden.
In het dorp Roussa Ekklisia is een fontein die, volgens zijn inscriptie, werd gebouwd in 1877 door Axelos, toen gouverneur van de provincie Lassithi. In 1897 werd een conferentie van notabelen en leden van de Revolutionaire Raad gehouden in het dorp om een petitie te schrijven aan de Russische vice-consul in Heraklion.
De theorie dat Roussa Ekklisia werd gebouwd door de voormalige bewoners van Trapezunda nadat die stad was vernietigd door Khair ed-Din Barbarossa, is niet bewezen. De gehuchten Koutsoulopetres en Koskinas en de grot van Yioupes, maken ook deel uit van deze gemeenschap.
